尿路感染的治療，首先在於選擇有效的抗菌藥物殺滅細菌，但在選擇抗菌藥物上，各國學者提出了不同的選用原則。如美國孟菲斯田納西大學泌尿科的ClairECox認為，理想的尿路感染的抗菌葯應具有下列特點：①每次治療合理的費用;②上消化道吸收良好，不會改變大腸的菌群;③口服后，尿中的高生物利用度;④對尿路病原菌而言，只有血清和尿中的最低抑菌濃度(MIC)超過MIC90;⑤對腎感染來源，組織濃度高;⑥對革蘭氏陰性菌、陰性尿路病原菌具有廣譜殺菌活性;⑦靜脈注XX和口服的現代動力學相同，12～24小時給藥量的順應性良好;⑧副作用和藥物引起的意外較少;⑨產生耐藥性最小。但目前尚無抗菌葯能符合上述全部要求。怎樣合理使用抗菌藥物，以最低的不良反應，最小的醫療費用，取得最好的醫療效果，仍是一個非常重要的問題。各國學者儘管有不同的運用抗菌素原則，但以下幾點是達成共識的：
　　(1)選用對致病菌敏感的藥物。不少患者因長期服用廣譜抗菌素，細菌產生耐藥性，往往難以痊愈，因此，降低尿路感染的複發率與死亡率，選用敏感抗生素是至為關鍵的一環。
　　(2)根據病變部位選擇抗菌藥物。下尿路感染為尿路淺層的粘膜病變，要求在尿中有高濃度的抗菌藥物，如呋喃類藥物(如呋喃